Bioraznolikost
Raznolikost staništa usko je povezana s geografskim položajem, razvedenosti reljefa, geološkim, klimatskim i hidrografskim prilikama te čovjekovim utjecajima. Na području Značajnog krajobraza zabilježeno je deset različitih stanišnih tipova, kojima je priključeno i podzemno stanište. Stalni i povremeni vodotoci, vapnenačke stijene, špilje i šume prirodna su staništa, dok se travnjaci i šikare, budući da nastaju djelovanjem čovjeka, nazivaju doprirodnim ili poluprirodnim staništima. Od toga se šest zabilježenih stanišnih tipova nalazi na popisu ugroženih i rijetkih stanišnih tipova od nacionalnog i europskog značaja. To su alpsko-karpatsko-balkanske vapnenačke stijene, subatlantski mezofilni travnjaci i brdske livade na karbonatnim tlima, europske suhe vrištine i travnjaci trave tvrdače, mezofilne živice i šikare kontinentalnih, izuzetno primorskih krajeva, mješovite hrastovo-grabove i čiste grabove šume, šuma hrasta kitnjaka i običnoga graba, mezofilne i neutrofilne čiste bukove šume i kraške špilje i jame. Špilje i jame su tek mali dio cjelokupnog podzemnog krškog okoliša. Svako špiljsko stanište obilježeno je specifičnim živim svijetom i abiotičkim uvjetima okoliša te svako od njih može sadržavati svoje posebne vrste. Na području Značajnog krajobraza Baraćeve špilje ciljano je istraživana samo špiljska fauna u Baraćevoj Gornjoj, Donjoj i Novoj špilji, te šišmiši u Gornjoj i Donjoj Baraćevoj špilji. Sva ostala fauna i flora nikada nisu sustavno niti ciljano istraživani. Stoga se prisutnost vrsta može pretpostaviti prema područjima rasprostiranja iz postojećih baza podataka DZZP-a i drugih dostupnih baza.
Prema dosadašnjim istraživanjima u Baraćevim špiljama zabilježeno je 15 vrsta špiljske faune. Zabilježeni su primjerci rodova Meta, Histopona, Nesticus iz skupine pauka, potom primjerci roda Chthonius iz skupine lažištipavaca te iz skupine tulara primjerci roda Micropterna. Donja Baraćeva špilja tipski je lokalitet za svojte Machaerites pavleki i Parapropus sericeus sinuaticollis. Oba kornjaša su endemi Hrvatske, a Machaerites pavleki je poznat iz tipskog nalazišta Donje Baraćeve špilje, a 2020. godine istraživanja su potvrdila i njegovu prisutnost u Gornjoj Baraćevoj špilji. Dosadašnja biospeleološka istraživanja pokazuju da su Baraćeve špilje značajni objekti u kojima su pronađeni endemi. Vrsta Neobisium stygium ssp. i već spomenute dvije vrste Machaerites pavleki i Parapropus sericeus sinuaticollis su endemi Hrvatske, vrsta Titanethes albus je endemna za područje zapadnih Dinarida, a sitni lažištipavac iz roda Chthonius je najvjerojatnije endem područja Rakovice.
Šire područje Značajnog krajobraza Baraćeve špilje potencijalno je stanište 2 vrste vodozemca, 9 vrsta leptira i 6 vrsta obalčara koje su zaštićene vrste prema Pravilniku o strogo zaštićenim vrstama. Potencijalno je stanište 10 vrsta ptica od kojih jedna vrsta ima status ugroženosti gnijezdeće populacije označene kao osjetljive vrste (VU), a dvije su gotovo ugrožene (NT). Dokazana je prisutnost 5 vrsta sisavaca navedenih u Crvenoj knjizi sisavaca RH, dok je potencijalno prisutno još 16 vrsta. Pretpostavlja se prisutnost svih triju velikih zvijeri – vuka, medvjeda i risa. Fauna šišmiša na ovom području nije gotovo uopće istraživana. U Gornjoj Baraćevojšpilji je početkom 20 stoljeća navedena vrsta veliki šišmiš (Myotis myotis) i velika količina guana. Tijekom speleoloških istraživanja u ljeto 1971. viđena je kolonija šišmiša od 1000 jedinki, no ne navodi se vrsta. U veljači 2015. godine provedeno je istraživanje hibernacije šišmiša u Gornjoj i Donjoj Baraćevoj špilji pri čemu je potvrđena hibernacija velikog i malog potkovnjaka u obje špilje, dok je u Donjoj Baraćevoj zabilježena i vrsta južni potkovnjak. Potrebno je naglasiti da prema podacima za alpinsku biogeografsku regiju Gornja Baraćeva špilja predstavlja jedan od većih hibernakuluma vrsta mali i veliki potkovnjak.
Unutar zaštićenog područja razlikujemo nekoliko različitih šumskih staništa. Mješovito hrastovo-grabove šume, čiste grabove šume i čiste bukove šume. One se ne mogu promatrati šturo kao sastojine jedne vrste, pa je tako unutar tih šuma moguće u sloju drveća primijetiti pojedinačna stabla malolisne lipe, gorskog javora, javora klena, divlje trešnje, običnog jasena, bijele vrbe ali i sađena stabla smreke i crne topole, a u sloju grmlja lijesku, glog, crni trn, svib, dren i druge. Uzmu li se u obzir i mnogobrojne vrste iz prizemnog sloja jasno je da se Značajni krajobraz odlikuje velikom bioraznolikošću.
